- Zakład Fizyki Statystycznej
- kierownik: prof. Lech Longa
- Zakład Kwantowej Teorii Wielu Ciał
kierownik: prof. Andrzej M. Oleś - Zakład Optyki Atomowej
kierownik: prof. Jakub Zakrzewski - Zakład Teorii Cząstek
kierownik: prof. Michał Praszałowicz - Zakład Teorii Materii Skondensowanej i Nanofizyki
kierownik: dr hab. Adam Rycerz - Zakład Teorii Pola
kierownik: prof. Andrzej Sitarz - Zakład Teorii Układów Złożonych
kierownik: prof. Maciej A. Nowak - Zakład Teorii Względności i Astrofizyki
kierownik: prof. Edward Malec - Zakład Zastosowań Metod Obliczeniowych
kierownik: prof. Jerzy Szwed