"Celem Towarzystwa Doktorantów jest reprezentowanie i obrona praw i interesów doktorantów na UJ oraz organizowanie koleżeńskiej współpracy i wzajemnej pomocy członków w sprawach naukowych i innych".
Art. 1 pierwszego Statutu TD UJ (1992 rok).
Towarzystwo Doktorantów Uniwersytetu Jagiellońskiego zostało założone w 1992 roku, wtedy też przyjęty został pierwszy statut Towarzystwa. Od tamtego czasu cele Towarzystwa pozostają bez zmian. Zmieniają się natomiast sposoby ich realizacji.
Aktualnie Towarzystwo jest zaangażowane na wielu płaszczyznach - reprezentuje doktorantów przed władzami uczelni, uczestniczy w przyznawaniu świadczeń pomocy socjalnej, przydziela miejsca w akademikach, organizuje szkolenia, spotkania towarzyskie i zajęcia sportowe, wspomaga finansowo badania doktorantów i prowadzi spotkania popularyzujące naukę a także wiele innych.
Zgodnie z postanowieniami ustawy z dnia 27 lipca 2005 Prawo o szkolnictwie wyższym doktoranci na uczelniach tworzą samorząd. W związku z tym organy Towarzystwa Doktorantów zostały przekształcone w organy samorządu doktorantów UJ. Postanowiono jednak zachować historyczną nazwę i od tej pory Towarzystwo Doktorantów Uniwersytetu Jagiellońskiego jest nazwą własną samorządu doktorantów Uniwersytetu Jagiellońskiego. W związku z tym TD UJ w mocy prawa i zwyczaju pełni wszystkie zadania i uprawnienia samorządu doktorantów.
Opisywane zmiany spowodowały konieczność uchwalenia nowego Statutu dla TD UJ, który został zatwierdzony przez Senat UJ w dniu 30 maja 2007 roku. Ponadto w toku funkcjonowania TD UJ pojawił się szereg przesłanek na rzecz wprowadzenia zmian w dotychczasowym Regulaminie TD UJ, co też dokonane zostało decyzją Senatu UJ z dnia 16 grudnia 2009 roku.
Towarzystwo Doktorantów oprócz reprezentowania doktorantów przed władzami UJ podjęło też współpracę z doktorantami z innych uczelni. W grudniu 2005 roku przy udziale członków TD UJ powołane zostało Porozumienie Doktorantów Uczelni Krakowskich, a na początku 2006 roku przedstawiciele TD UJ brali udział w tworzeniu Krajowej Reprezentacji Doktorantów, która w świetle wspomnianej ustawy reprezentuje interesy doktorantów na poziomie kraju.