Biblioteka Wydziału Fizyki sięga swymi tradycjami końca XVIII wieku. Podobno wtedy ks. Andrzej Trzciński (1749-1823), profesor fizyki eksperymentalnej, zakupił w Londynie książki naukowe, które przeznaczył do tworzącego się Kolegium Fizycznego. Księgozbiór ten uzupełniali kolejni profesorowie fizyki: Stefan Kuczyński, Zygmunt Wróblewski, August Witkowski, Marian Smoluchowski i Władysław Natanson. Profesorowie ci przekazali do biblioteki także swoje prywatne kolekcje książek naukowych. Z końcem XIX wieku pojawiły się w bibliotece pierwsze czasopisma naukowe: Physical Review, Philosophical Magazine i Annalen der Physik.

W okresie międzywojennym biblioteką katedr fizyki opiekowali się doktoranci, ale najcenniejsze zbiory przechowywano w gabinetach profesorskich. W czasie II wojny światowej wyposażenie sal i laboratoriów zostało całkowicie zniszczone, a w Collegium Witkowskiego działał Institut für Deutsche Ostarbeit (Instytut Niemieckiej Pracy na Wschodzie). Na szczęście, już na początku okupacji, zbiory biblioteczne przeniesiono do Biblioteki Jagiellońskiej i tam przetrwały w stanie nienaruszonym aż do kwietnia 1945 roku. Instytut Fizyki wznowił swoją działalność po zakończeniu wojny, wtedy też dokonano remontu Collegium Witkowskiego i przeniesiono z Biblioteki Jagiellońskiej wszystkie książki należące do fizyków. Początkowo działały trzy odrębne biblioteki: Zakładu Mechaniki Teoretycznej (do roku 1952 inwentarz biblioteki liczył 215 vol.), Zakładu Fizyki Teoretycznej (do roku 1952 inwentarz liczył 1693 vol.) i I Zakładu Fizyki Doświadczalnej. Od października 1952 roku prowadzono jedną bibliotekę i jedną księgę inwentarzową. Okres szczególnego rozkwitu przeżywała biblioteka od roku 1957, kiedy na stanowisku bibliotekarza zatrudniono mgr Irenę Lewandowską. I. Lewandowska uporządkowała zbiory biblioteczne, wykorzystując klasyfikację przedmiotową zaproponowaną przez ówczesnych profesorów fizyki, zadbała o właściwe prowadzenie dokumentacji bibliotecznej, w szczególności ksiąg inwentarzowych, starała się wzbogacić księgozbiór poprzez zakupy nowości książkowych, a także poprzez prenumeratę krajowych i zagranicznych czasopism naukowych. Biblioteka przeznaczona była dla pracowników i studentów fizyki, ale organizacyjnie podlegała Bibliotece Jagiellońskiej. W 1967 roku dyrektor BJ, profesor Jan Baumgart, napisze o bibliotece fizyki i zatrudnionej w niej bibliotekarce: „można stwierdzić, że biblioteka licząca ponad 12.000 woluminów jest dobrze zorganizowana. Mgr I. Lewandowska jest pracownikiem odpowiedzialnym i wykazuje orientację w zagadnieniach bibliotecznych, działając sprawnie na odcinku zakupu książek z importu, prenumeraty czasopism, opracowania kart do centralnego katalogu i sprawozdawczości. […] Należy podkreślić, że spośród 21 osób zatrudnionych w bibliotekach zakładowych UJ mgr I. Lewandowska jest jedynym w pełni kwalifikowanym bibliotekarzem". Irena Lewandowska była kustoszem dyplomowanym i kierownikiem Biblioteki IF UJ aż do przejścia na emeryturę w roku 1991.

Współczesny księgozbiór Biblioteki Wydziału Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej UJ to prawie 35.000 książek naukowych, uporządkowanych zgodnie z klasyfikacją działową, którą unowocześniono i dostosowano do zmieniających się zadań biblioteki. Rozszerzono zakres tematyczny gromadzonego księgozbioru, który obejmuje dziś publikacje dotyczące fizyki, matematyki, informatyki, chemii, inżynierii materiałowej, nanotechnologii, biofizyki, astronomii, filozofii i  historii nauki.

Biblioteka prenumeruje 30 tytułów czasopism w wersji drukowanej, pozostałe dostępne są on-line za pośrednictwem konsorcjów, do których przystąpił Uniwersytet Jagielloński.

Biblioteka WFAIS UJ jest placówką otwartą dla wszystkich. Ze zgromadzonej tutaj literatury skorzystać mogą wszyscy ci, którzy interesują się fizyką, ale osobom spoza Uniwersytetu materiały biblioteczne udostępnia się wyłącznie w czytelniach.

W 1995 roku ówczesna Biblioteka Instytutu Fizyki UJ została włączona do uniwersyteckiego zintegrowanego systemu komputerowego VTLS (Virginia Tech Library System). Obecnie wykorzystuje się nowszą wersję tego systemu o nazwie Virtua. Poszukiwanie literatury, rezerwację i prolongatę wypożyczanych książek czytelnicy wykonują za pośrednictwem Internetu.

Do Komputerowego Katalogu Zbiorów Bibliotek UJ wprowadzono już ponad 70% wydawnictw zwartych zgromadzonych w Bibliotece WFAIS UJ. Trwają prace nad opracowaniem bibliograficznym i stworzeniem rekordów zasobu dla wydawnictw ciągłych. W roku 2013 rozpoczęto w Bibliotece digitalizację najcenniejszych zbiorów, zbiory te włączane są do zasobów Jagiellońskiej Biblioteki Cyfrowej.

Biblioteka Wydziału Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej powołana została Zarządzeniem Nr 99 Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego dnia 29 września 2014 roku. W jej skład weszła dotychczasowa Biblioteka Instytutu Fizyki UJ i Biblioteka Obserwatorium Astronomicznego.

Od roku 2014 Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej UJ ma swoją siedzibę na Kampusie 600-lecia Odnowienia Uniwersytetu Jagiellońskiego (tzw. III Kampusie). Również Biblioteka WFAIS UJ otrzymała nowe pomieszczenia i nowe wyposażenie. Na czytelników czeka nowoczesna biblioteka z wolnym dostępem do księgozbioru, wysokiej jakości komputerami z dostępem do Internetu i urządzeniami RFID do samodzielnego wypożyczania i zwrotu książek. 

                                                                                                                                                  Maria Pawłowska