Podstawowym źródłem informacji  o księgozbiorze biblioteki jest Komputerowy Katalog Zbiorów Bibliotek UJ, który  rejestruje zbiory Biblioteki Jagiellońskiej, Biblioteki Medycznej CM oraz bibliotek wydziałowych i instytutowych Uniwersytetu Jagiellońskiego.  

Kod lokalizacji określa, w której bibliotece znajduje się dany egzemplarz wybranego dzieła. Status egzemplarza określa czy jest zamówiony, zarezerwowany lub do kiedy jest wypożyczony. Egzemplarze dostępne tylko na miejscu mają status – nie wypożycza się.