Nominowanym do Nagrody im. Franka Wilczka może być każdy kto spełnia poniższe kryteria, tj.:

1. Dokonał znaczącego odkrycia w dziedzinie fizyki, astronomii lub im zbliżonych; nominacja następuje za jedno, znaczące osiągnięcie.
2. Zgłoszone osiągnięcie zostało dokonane przez osobę nominowaną samodzielnie lub w ramach współpracy; w przypadku współpracy wkład nominata do osiągnięcia musi być jednoznacznie określony, wiodący i absolutnie niezbędny dla sukcesu całości projektu, co jest weryfikowane przez Komitet Nagrody.
3. Jeżeli osoba nominowana uzyskała stopień naukowy doktora, to nominacja nie może nastąpić później niż 7 lat od daty nadania tego stopnia naukowego (miarodajna jest data zgłoszenia).
4. Osoba nominowana posiada obywatelstwo polskie i zamieszkuje na stałe na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej.

1. Nominacji może dokonać ekspert posiadający co najmniej stopień naukowy doktora z dziedziny, w której osoba nominowana dokonała odkrycia zgłoszonego do Nagrody im. Franka Wilczka.
2. Nominacja następuje przez wypełnienie, podpisanie i przesłanie w formie skanu na adres fw.prize@uj.edu.pl formularza nominacyjnego stanowiącego załącznik do regulaminu wraz z dokumentami, o których mowa w ust. 4 i 5 poniżej. Z uwagi na międzynarodowy zespół Kapituły Nagrody dokumentacja wniosku powinna być przygotowana w języku angielskim.
3. W formularzu nominacyjnym należy opisać konkretne osiągnięcie (odkrycie), za które następuje nominacja do Nagrody im. Franka Wilczka, wraz z uzasadnieniem oraz listę najważniejszych publikacji osoby nominowanej związanych ze zgłoszonym osiągnięciem (do 5 pozycji).
4. Wymagane są 3 listy rekomendacyjne wspierające nominację. List rekomendacyjny nie może być sporządzony przez osobę, która dokonała nominacji. Listy rekomendacyjne powinny pochodzić od specjalistów z dziedziny, w której dokonano odkrycia zgłoszonego do Nagrody im. Franka Wilczka.
5. Wymagane jest przesłanie zgody osoby nominowanej na ubieganie się o przyznanie Nagrody im. Franka Wilczka oraz przetwarzanie danych osobowych. Formularze zgody stanowią załączniki do niniejszego regulaminu.

Laureat oraz osoba go nominująca otrzymają pisemne zawiadomienie od JM Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz od Profesora Franka Wilczka.

Wyłoniony przez Komitet Nagrody Laureat zostaje ogłoszony przez JM Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego do dnia 10 czerwca roku, w którym nagroda jest przyznawana.

Ceremonia wręczenia nagrody odbywa się w Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie, we wrześniu roku, w którym Nagroda im. Franka Wilczka jest przyznawana. W ceremonii Laureat bierze udział osobiście.

Na zakończenie ceremonii wręczenia Nagrody im. Franka Wilczka, Laureat wygłasza wykład na temat związany z nagrodzonym osiągnięciem.